Родился в 1918 году в городе Мелитополе (Запорожская область Украины). С 1938 года в рядах Красной Армии. Окончил военную авиационную школу лётчиков. Служил в строевых частях ВВС.

С 29 декабря 1943 года лейтенант П. Я. Мордухович на фронтах Великой Отечественной войны в должности командира звена 3-й эскадрильи 193-го ИАП (2 июля 1944 года преобразован в 177-й Гвардейский ИАП), летал на Ла-5.

31 октября 1944 года временно исполняющий обязанности командира эскадрильи 177-го Гвардейского истребительного авиационного полка (14-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 3-й Гвардейский истребительный авиационный корпус, 5-я Воздушная армия, 2-й Украинский фронт) Гвардии лейтенант П. Я. Мордухович не вернулся с боевого задания (пропал без вести). Всего совершил около 300 боевых вылетов, в воздушных боях сбил лично 13 самолётов противника.

Награждён орденом Отечественной войны 1-й степени (29.08.1944).

Список известных воздушных побед П. Я. Мордуховича:

http://soviet-aces-1936-53.ru/abc/m/morduhovich.htm